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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
04/11/2022 |
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Data da última atualização: |
07/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, AUBURN UNIVERSITY; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; VINICIUS HENRIQUE DA SILVA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits. MenosSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulato... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cis-regulação; Cis-regulation; Data integration; Epigenética; Expressão gênica; Genômica; Integração de dados; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Epigenetics; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 59 | |
| 1. |  | AVIZ, M. A. B. de; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; CAMARÃO, A. P.; GARCIA, A. R.; ARAUJO, C. V.; MONTEIRO, E. M. M.; SANTOS, N. de F. A. dos. Valor nutritivo da leguminosa Flemingia macrophylla (Willd.) Merril para suplementação alimentar de ruminantes na Amazônia Oriental. Amazônia: ciência & desenvolvimento, Belém, PA, v. 4, n. 8, p. 253-271, jan./jun. 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 2. | | BATISTA, H. A. M.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; COSTA, N. A. da; ALVES, O. dos S.; MONTEIRO, E. M. M.; SANTOS, N. de F. A. dos. Influência de sêmen importado da Itália no peso ao nascer de búfalos mediterrâneo. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 7.; CONGRESSO NACIONAL DE ZOOTECNIA, 10.; REUNIÃO NACIONAL DE ENSINO DE ZOOTECNIA, 11.; FÓRUM DE ENTIDADES DE ZOOTECNIA, 28.; FÓRUM DE COORDENADORES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 1., 2005, Campo Grande, MS. Produção animal e responsabilidade: [anais]. Campo Grande, MS: ABZ: UEMS: UFMS: CPAP: MAPA, 2005. Zootec 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 3. | | BATISTA, H. A. M.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; COSTA, N. A. da; DUTRA, S.; MONTEIRO, E. M. M.; ALVES, O. dos S.; SANTOS, N. de F. A. dos. Produção e valor nutritivo de quicuio-da-amazônia (Brachiaria humidicola) sob pastejo rotacionado de fêmeas bubalinas. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 7.; CONGRESSO NACIONAL DE ZOOTECNIA, 10.; REUNIÃO NACIONAL DE ENSINO DE ZOOTECNIA, 11.; FÓRUM DE ENTIDADES DE ZOOTECNIA, 28.; FÓRUM DE COORDENADORES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 1., 2005, Campo Grande, MS. Produção animal e responsabilidade: [anais]. Campo Grande, MS: ABZ: UEMS: UFMS: CPAP: MAPA, 2005. Zootec 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 4. | | BATISTA, H. A. M.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; COSTA, N. A. da; MONTEIRO, E. M. M.; ALVES, O. dos S.; SANTOS, N. de F. A. dos. Influência de sêmen italiano no desempenho ponderal de búfalos mediterrâneo. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 7.; CONGRESSO NACIONAL DE ZOOTECNIA, 10.; REUNIÃO NACIONAL DE ENSINO DE ZOOTECNIA, 11.; FÓRUM DE ENTIDADES DE ZOOTECNIA, 28.; FÓRUM DE COORDENADORES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 1., 2005, Campo Grande, MS. Produção animal e responsabilidade: [anais]. Campo Grande, MS: ABZ: UEMS: UFMS: CPAP: MAPA, 2005. Zootec 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 5. | | CASTRO, A. C.; LOURENÇO JÚNIOR, J. de B.; SANTOS, N. de F. A. dos; MONTEIRO, E. M. M.; AVIZ, M. A. B. de; GARCIA, A. R. Sistema silvipastoril na Amazônia: ferramenta para elevar o desempenho produtivo de búfalos. Ciência Rural, Santa Maria, v. 38, n. 8, p. 2395-2402, nov. 2008. Título em inglês: Silvopastoral system in the Amazon region: tool to increase the productive performance of buffaloes.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 6. | | CONTARINI, L. B. P.; SOARES, B. C.; RODRIGUES FILHO, J. A.; SENA, A. L. dos S.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; SANTOS, N. de F. A. dos. Caracterização do manejo de ordenha de propriedades leiteiras do município Rondon do Pará, mesorregião Sudeste paraense. In: SEMINÁRIO ANUAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 13., 2015, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Universidade Federal Rural da Amazônia, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 7. | | CONTARINI, L. B. P.; SOARES, B. C.; RODRIGUES FILHO, J. A.; SENA, A. L. dos S.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; SANTOS, N. de F. A. dos. Identificação de características dos sistemas leiteiros do município de Rondon do Pará, mesorregião Sudeste paraense. In: SEMINÁRIO ANUAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 13., 2015, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Universidade Federal Rural da Amazônia, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 8. | | COSTA, D. A. da; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; FERREIRA, G. D. G.; SANTOS, N. de F. A. dos; GARCIA, A. R.; MONTEIRO, E. M. M. Avaliação nutricional da torta de dendê para suplementação de ruminantes na Amazônia Oriental. Amazônia: Ciência & Desenvolvimento, Belém, PA, v. 4, n. 8, p. 83-101, jan./jun. 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 9. | | DANTAS, J. A. da S.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; CASTRO, A. C.; ALVES, O. dos S.; SANTOS, N. de F. A. dos; MONTEIRO, E. M. M. Influência de variáveis climáticas sobre a concepção de búfalas Mediterrâneo, criadas sob pastejo rotacionado flexível, em Belém, Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOMETEOROLOGIA, 4., 2006, Ribeirão Preto. Mudanças climáticas: impacto sobre homens, plantas e animais: anais. Ribeirão Preto: Instituto de Zootecnia, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 10. | | DANTAS, J. A. da S.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; CASTRO, A. C.; ALVES, O. dos S.; SANTOS, N. de F. A. dos; MONTEIRO, E. M. M. Influência de variáveis climáticas sobre a concepção de búfalas Murrah, criadas sob pastejo rotacionado intensivo em Belém, Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOMETEOROLOGIA, 4., 2006, Ribeirão Preto. Mudanças climáticas: impacto sobre homens, plantas e animais: anais. Ribeirão Preto: Instituto de Zootecnia, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 11. | | LOUREN JÚNIOR, J. de B.; CASTRO, A. C.; DANTAS, J. A. da S.; SANTOS, N. de F. A. dos; ALVES, O. dos S.; MONTEIRO, E. M. M. Índice de conforto térmico em bubalinos criados em sistema silvipastoril, em Belém, Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOMETEOROLOGIA, 4., 2006, Ribeirão Preto. Mudanças climáticas: impacto sobre homens, plantas e animais: anais. Ribeirão Preto: Instituto de Zootecnia, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 12. | | LOURENÇO BRITO, J. de B.; CASTRO, A. C.; DANTAS, J. A. da S.; SANTOS, N. de F. A. dos; ALVES, O. dos S.; MONTEIRO, E. M. M. Efeito dos índices de temperatura - umidade (ITU) sobre bubalinos criados em sistema silvipastoril, em Belém, Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOMETEOROLOGIA, 4., 2006, Ribeirão Preto. Mudanças climáticas: impacto sobre homens, plantas e animais: anais. Ribeirão Preto: Instituto de Zootecnia, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 13. | | LOURENÇO JÚNIOR, J. de B.; BASTOS, R. O. de F.; GARCIA, A. R.; COSTA, N. A. da; NAHUM, B. de S.; ARAÚJO, C. V. de; SANTOS, N. de F. A. dos. Zootecno - sistema para controle de processos zootécnicos. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 5.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 11.; SIMPÓSIO SERGIPANO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 1., 2008, Aracaju. Anais... Aracaju: Sociedade Nordestina de Produção Animal; Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 14. | | LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; BATISTA, H. A. M.; COSTA, N. A. da; DUTRA, S.; ALVES, O. dos S.; MONTEIRO, E. M. M.; SANTOS, N. de F. A. dos. Influências do ambiente físico e de sêmen importado da Bulgária no peso ao nascer de búfalos murrah. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 7.; CONGRESSO NACIONAL DE ZOOTECNIA, 10.; REUNIÃO NACIONAL DE ENSINO DE ZOOTECNIA, 11.; FÓRUM DE ENTIDADES DE ZOOTECNIA, 28.; FÓRUM DE COORDENADORES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 1., 2005, Campo Grande, MS. Produção animal e responsabilidade: [anais]. Campo Grande, MS: ABZ: UEMS: UFMS: CPAP: MAPA, 2005. Zootec 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 15. | | LOURENÇO JÚNIOR, J. de B.; CASTRO, A. C.; DANTAS, J. A. da S.; SANTOS, N. de F. A. dos; ALVES, O. dos S.; MONTEIRO, E. M. M. Efeitos das variáveis climáticas sobre a fisiologia de bubalinos criados em sistema silvipastoril, em Belém, Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOMETEOROLOGIA, 4., 2006, Ribeirão Preto. Mudanças climáticas: impacto sobre homens, plantas e animais: anais. Ribeirão Preto: Instituto de Zootecnia, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 16. | | LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; CASTRO, A. C.; DANTAS, J. A. da S.; SANTOS, N. de F. A. dos; ALVES, O. dos S.; MONTEIRO, E. M. M. Interações entre fatores climáticos e ganho de peso de bubalinos criados em sistema silvipastoril em Belém, Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOMETEOROLOGIA, 4., 2006, Ribeirão Preto. Mudanças climáticas: impacto sobre homens, plantas e animais: anais. Ribeirão Preto: Instituto de Zootecnia, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 19. | | LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; LAU, H. D.; ALVES, O. dos S.; MONTEIRO, E. M. M.; SANTOS, N. de F. A. dos; MIYAKE, S. T. de M. Sistema silvipastoril e pastejo rotacionado intensivo na produção leiteira de búfalas na pequena propriedade da Amazônia Oriental. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 7.; CONGRESSO NACIONAL DE ZOOTECNIA, 10.; REUNIÃO NACIONAL DE ENSINO DE ZOOTECNIA, 11.; FÓRUM DE ENTIDADES DE ZOOTECNIA, 28.; FÓRUM DE COORDENADORES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 1., 2005, Campo Grande, MS. Produção animal e responsabilidade: [anais]. Campo Grande, MS: ABZ: UEMS: UFMS: CPAP: MAPA, 2005. Zootec 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 20. | | LOURENÇO, V. V.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; LOURENÇO, L. de F. H.; SOUSA, C. L.; COSTA, N. A. da; CARVALHO, L. O. D. de M.; SANTOS, N. de F. A. dos. Avaliação microbiológica e sensorial de carne de baby búfalo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE CARNES, 1., 2001, São Pedro, SP. Anais... São Pedro: ITAL-CTC, 2001. p. 442-443. il.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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